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美国试管婴儿专家说，巧克力囊肿又叫卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。主要是女性月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿。由于这种陈旧性积血囊肿呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。巧克力囊肿以25～45岁的女性较为常见，发病率为10%～15%。

导致巧克力囊肿的基本病因包括以下6种：

1、种植学说：正常经血从宫口、阴道排出体外是顺流而下的，但是有小部分经血或因其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流入腹腔，种植在卵巢上，并在该处继续生长和蔓延。

2、化生内膜：卵巢表面的上皮可由胚胎时期具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来。